Не будут переключатся скорости, пока не пройдёт иннициализация сцепления, на пальцах не объяснить, значения особенного нет, оригинал или нет, проблема в железке, к которой прикручен активатор сцепления, не на своём месте, железяка эта. Перед тем как перейти к процедуре обучения сцепления, есть пунктик поставить сцепление в нейтральное положение, после этого, обычно выбираю сразу третий пункт, обучение блока управления коробкой, если железо в норме, комп в режиме обучения перебирает все передачи.
А по поводу дросселя.... нет там связи с коробкой. Смотри какие ошибки по движку есть. Как-то так.